C/Visual C - Ejecutar programa sin interferencias

Si un programa realizado en C recoge el tiempo de respuesta desde que se presenta un estímulo hasta que se pulsa una tecla hay un cierto error si recogemos el tiempo en msgs, ya que windows interfiere en la ejecución de este programa.

Quedría saber si hay algún modo de conseguir que únicamente esté activo el programa en C que recoge el tiempo y que el resto de programas se detengan por un instante para que no produzcan interferencias. Es decir, que desde que se presenta el estímulo hasta que se pulsa la tecla, se paralicen todos los programas excepto el que recoge el tiempo de respuesta.

Gracias por la ayuda.

Si quiere conocer el tiempo preciso y exacto, un pc no te vale. El propio teclado del pcs es lentísimo. Si te puedes permitir ese margen, utiliza un proceso con nivel de prioridad alta.