A que sistema quieres acceder, a DOS?, entonces utiliza la función ANSI system(str), dde str es un string con el comando de DOS que queres ejecutar.
A Windows?, entonces lo más convieniente es que aprendas a manejar las funciones llamadas API (que generalmente tienen muchos parámetros raros). Buscalas en la ayuda de tu compilador, o con el altavista podés encontrar varias páginas que tienen sus nombres y explicaciones. No te adjunto los nombres porque son demasiadas y no me acuerdo de todas de memoria.
Espero haber ayudado :-)