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hace esto
FILE * archivo;
char c;
archivo=fopen("Archivo","r")
while(c=fgetc(archivo)!=EOF){
//Comparas c con el codigo de ascii de cada vocal
swtch(toupper(c)){
case 'A':
f=0;
break;
case 'E':
f=0;
break;
case 'I':
f=0;
break;
case 'O':
f=0;
break;
case 'U':
f=0;
break;
default:
f=1:
}
if(f){
f=0;
//Y armas la cadena
}