Deberias de explicarte mejor, porque acuerdate que una matriz es de filas y columnas, yo una vez tuve que hacer algo parecido y entonces tuve que hacer un arreglo unidimensional con el tamaño de la multiplicacion de las filas y las columnas, es decir, si tengo una matriz 5x5, hacer un arreglo de 25 copiar el otro en este y entonces despues organizarlo, este lo se hace utilizando memoria dinamica, Ej para una matriz de numeros enteros:
int * new_matriz = new int[columnas_matriz * filas_matriz];
dime si esto te sirve de algo
Saludos
