Capturas en tu mapa de mensajes el mensaje WM_MOUSEWHEEL. Luego, en tu clase de ventana, sobreescribes el método OnMouseWheel que se hereda de CWnd.
De OnMouseWheel el primer parámetro indica banderas (si ctrl o alt estaban presionados), el segundo indica cuántos "DELTAS" rotó (WHEEL_DELTA = 120), positivo si rotó hacia adelante y negativo si rotó hacia atrás. El tercer parámetro indica la coordenada de la ventana donde el puntero del ratón se encuentra.
Saludos.
