C/Visual C - Tecnico

Hola que tal mi nombre es Gaston y tengo el siguiente problema, tengo hecha una aplicacion hecha en Builder Visual C++ 4.0. El problema que tengo es que esta aplicacion ejecuta aplicaciones ms-dos y los procesos tardan un monton. Las aplicaciones son rmcobol, osea que llama a runcbol xxxxx. Este proceso me tarda como 40 minutos, ahora si yo ejecute el mismo proceso por afuera, osea desde una ventana ms-dos, tarda 3 minutos. El sistema operativo donde se ejecuta la aplicacion es Windows 2000 server, y tambien tengo en Windows 2003.
Alguie sabe cual puede ser este problemita?

Muchas gracias...........!