Er... pues para indicar condiciones... una bandera usualmente es una variable cualquiera que mantiene un estado, normalmente verdadero y falso.
bool bandera;
...
if (bandera)
cout << "bandera activada" << endl;
else
cout << "bandera no activada" << endl;
Cuando tienes varias banderas, usualmente es mejor declararlas a nivel de bits.
#define BANDERA_1 1
#define BANDERA_2 2
#define BANDERA_3 4
#define BANDERA_4 8
#define BANDERA_5 16
...
unsigned long banderas;
// activamos las banderas 1, 3 y posteriormente la 5:
banderas = BANDERA_1 | BANDERA_3;
banderas |= BANDERA_5;
// si la bandera uno está activa, imprimimos:
if (banderas & BANDERA_1)
cout << "bandera 1 activada" << endl;
y así sucesivamente.