Bueno, el reproductor de Flash MX agarra los archivos swf 5 en adelante, o si no, no se pudieran ver las página que existen desde hace años hechas en flash.
Puede que al desinstalar hayas movido algo que no deberias. Otra cosa que quiezas sea es por la actualizacion de tu PC a Flash Player 8. Al principio, tambien me dio unos pequeñitos problemas con mis archivos de Flash MX 2004.
Ahora, no confundas SWF con FLA. Si quieres abrir un archivo FLA de Flash 5, que no se realemnte sea esa extencion, es razonable que Flash MX te diga algo que no te guste. Si no es asi, pues se un poco más específico