Problemas a resolver, antes que inventar otra cosa:
1) Si hay que respetar los consecutivos que ya existen (sería obvio si el sistema está en producción y se han generado operaciones que consideran esos consecutivos)
2) Saber con qué se relacionan esos ID que están duplicados, y en su caso, identficar a qué ID corresponden realmente. (evaluación de impacto)
También puede ocurrir que los registros con ID duplicados sean meramente registros duplicados. No aclaras ese tema.
Nota:
En un ambiente multiusuario, los consecutivos deben estar una tabla de consecutivos, que tenga, cuando menos, un código de identificación de que se trata, una descripción del tema y el últmo número generado. El id que quedará grabado se asigna en el momento en que se guarda la operación, bloqueando la tabla, avanzando el numerador y desbloqueando.
Con un poco más de complejidad, puedes incluir en la tabla de consecutivos cual es la tabla maestra correspondiente y su índice. De esta forma tienes con qué comprobar fácilmente que los consecutivos sean correctos.