Para subir archivos, debes hacerlo a través de programas de FTP (File Transfer Protocol). Te recomiendo el CuteFtp el WsFtp. uedes bajarlos gratis desde Internet.
Yo ocupo Dreamweaver, que aparte de crear y editar HTML tiene integrado un FTP. Es muy cómodo.
El sistema es sencillo. Consíguelos, averigua el nombre del HOST, el Login y la Password (elementos necesarios para comenzar). El programa se divide en dos, los archivos de tu computador a un lado, y los del servidor a otro. Seleccionas los que quieras subir y según el programa apretas "put" o una flechita.
Si tienes problemas escríbeme a mi mail.