Cuando le dices una capa la posicion en pantalla siempre aparecera en el mismo lugar, si le dices 12 left y 24 top siempre estaran en el mismo lugar.. lo que necesitas es organizar el documento que no usa capaz dentro de una tabla que no cambie de tamaño, o sea, usa pixeles en lugar de porcentaje para darle un tamaño a la tabla.
Otra cosa para asegurar los tamaños en pantalla es darle a tus fuentes un tamaño predeterminado que no cambie cuando tus usuarios tienen diferentes tamaños de letras en su explorador..
Solo usando estilos en pixeles en vez de puntos eso esta listo..
ej (dentro de la cabezera del documento):
<style type=text/css>
<!--
p,html,body,font,td,table{font-size: 12px;}
//-->
</style>
Suerte!!
