Hola,
DOCTYPE informa al navegador web qué tipo de documento debe abrir, normalmente xml, html.
PHP no es un documento, es un lenguaje del servidor que puede generar salida de datos en html.
Si no se especifica correctamente el DOCTYPE, el navegador debe adivinar qué tipo de documento es, cosa que normalmente saben hacer correctamente, pero el Sr. Google te puede penalizar en su ránking de posicionamiento.
La versión actual html es la 5 y la forma de definirlo es con <!DOCTYPE html>
Un saludo!
