hay varias opciones, una fácil es que tu proveedor web admita archivos .htaccess, pregúntale a tu proveedor y pídele información al respecto. Generalmente lo que se hace es que, colocas un archivo .htaccess con ciertas opciones para la carpeta del sitio, entre ellas se llama a un archivo que contiene una lista de usuarios con su contraseña (encriptada), de esta forma, cada que alguien intenta entrar a esa carpeta se pide un nombre de usuario y contraseña, los cuales se verifican contra la lista de usuarios.
Otra forma, si en tu sitio web existe servicio de PHP o ASP, con estos lenguajes puedes configurarte un control de acceso, busca algunos ejemplos en internet, en http://www.desarrolloweb.com creo que había un par de guías de cómo implementar un registro de usuarios usando PHP.
Hay otras opciones, como cargar un script externo que maneje la restricción de usuarios, hay algunos sitios que ofrecen el servicio, no sé si gratuito, pero también debes poder ejecutar programas desde tu sitio web (cgi-bin).
Espero esto te ayude para darte una idea.
Saludos,
José Jorge (Geo).