Vayamos por partes: si tu disco duro es nuevo, lo primero que tienes que hacer es particionarlo, es decir dividirlo en partes. Puedes hacer varias partes a tu disco duro o puedes hacer solo una. En cualquier caso tienes que particionar. Para ello usa el comando de MS-Dos fdisk. Siguiendo las instrucciones que el programa te dice no tendras problemas para hacer las particiones.
Después de particionar viene el fornmato propiamente dicho. Para ello utilizas el comando de MS-Dos format seguido de la unidad que quieres formatear. Por ejemplo: format c:,format d:...Tendras que formatear por separado cada una de las particiones que hayas hecho.
Si tu disco duro no es nuevo, es decir, ya contiene datos, solo tendras que ejecutar la orden format, salvo que quieras cambiar las particiones de tu disco duro, cosa que no es muy normal, por lo tanto no es que no haya que particionar, sino que ya lo hiciste cuando lo formateaste por primera vez y si no las quieres cambiar, no tienes que ejecutar fdisk.
Si tienes culaquier duda escribieme al correro y te lo aclarare.