buenas amigo, mire lo ke pudo pasar fue lo siguitente yo una vez hice en mi maquina algo similar y me paso lo mismo cuando formatee de nuevo me di cuenta de dos cosas primero antes de formatear dentro del fdisk debo aceptar la compatibilidad con discos grades normalmente esto aparese apenas se ejecuta el fdisk de alli debo eliminar la particion activa del dos que es donde esta grabada la informacion, me preguntara si deseo hacerlo de alli le digo que si y ya la particion libera todos los megas del disco, y ahora creo una particion activa me preguntara la cantidad de memoria que deso asignar y normalente ella automaticamente toma toda la capacidad menos 8 megas, estos 8 megas son datos vacios o memoria virtual por asi decirlo es decir es mejor dejar eso 8 megas libres, luego de este proceso formateo "c:\format c:/s" de esta manera aparte de formatear me manda el command.com al disco duro y como consejo le recomiendo que grabe todo el win98 en un directorio creado por usted en el disco y desde alli ejecuta el instalar del win 98 asi se evitara errores posteriores, y de esa forma se dara cuenta de que el disco quedo bien formateado cualkier duda estamos a la orden
