Hola, cuando empaquetas un programa hecho en java, sueles crear un fichero "comprimido". Dependiendo del tipo de aplicación, creas un fichero ".jar" (lo mas habitual), un ".war" (normalmente para aplicaciones web) o incluso un ".ear" (aplicaciones web que puede contener varios .jar o .war)
Bien, imaginemos que tiene un .jar creado (si no sabes como, echa un ojo a este link http://www.chuidiang.com/java/novatos/hacer_ficheros_jar.php ,el autor es un asiduo de este foro ), para ejecutarlo con un doble click, yo te diría un par de opciones:
1-crear un fichero .bat en windows o .sh en linux. El fichero debe contener una orden mas o menos así:
java -jar tuFicheroJar.jar
En algunas ocasiones, tendras que indicar que clase es la que contiene el método main que inicia la aplicación, entonces la orden quedaría así:
java -jar tuFicheroJar.jar paqueteMain/MaiClass
2-La segunda opción que yo he usado alguna vez para alguna aplicación de escritorio con java es usar un programa que te permite crear un fichero .exe a parti de un fichero .jar. Para eso hechale un ojo a JSmooth http://jsmooth.sourceforge.net
Suerte y saludos