RE:Llamar a una pagina jsp desde pgm java
Bueno sobre lo de llamar a un jsp desde una clase java se puede hacer utilizando la clase URLConnection del paquete java.net y recogiendo tu los datos enviados por el jsp.
Te doy la dirección de Sun donde te explica como hacerlo y hay código de ejemplo muy sencillo de entender.
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/networking/urls/readingWriting.html
y este es el inicio del tutorial
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/networking/urls/index.html
Sobre lo segundo, lo de, perder el control de esta... no te he entendido. Si quieres enviame un mail y quizás te puede ayudar.