Java - Substring en Fichero

Hola, tengo que buscar multiples cadenas de caracteres en un monton de ficheros (para luego almacenar en una base de datos un dato númerico que viene al lado) y me gustaría que fuese algo eficiente.

Lo primero que se me vino a la cabeza fue buscarlo de forma secuencial pero imagino que será extremadamente ineficiente. Hay alguna forma de buscar una cadena de forma más rápida??. Ya digo que es para obtener el dato numérico que se encuentre justo después.

Gracias de antemano.