Java - Lectura de ficheros y comparacion

Hola que tal? gracias de antemano por las molestias, soy novato en java y se me presenta el siguiente problema:

Tengo 2 ficheros, ambos con codigos, y necesitaria ir leyendo del fichero A y del fichero B, si el dato del fichero A es igual al dato del fichero B, necesitaria volcar ese dato coincidente en un fichero de salida C.

He llegado hasta esta parte, pero me quedo atascado....me faltan aun muchos conceptos...alguna sugerencia? ayuda? un empujoncito? GRACIAS!!!!

-------------------------------------------------------

package roberto.ui;

import java.io.*;

class Prepara {


public static void main (String args[]){
File archivoA=null;
File archivoT=null;
FileReader frA=null;
FileReader frT=null;


try {
archivoA=new File ("D:\\PROCESO_ACOMETIDAS\\ACOMETIDAS.txt");
archivoT=new File ("D:\\PROCESO_ACOMETIDAS\\TRAMOS.txt");
frA=new FileReader(archivoA);
frT=new FileReader(archivoT);
BufferedReader bfrA=new BufferedReader (frA);
BufferedReader bfrT=new BufferedReader (frT);
FileWriter ficheroSal=new FileWriter ("D:\\PROCESO_ACOMETIDAS\\SALIDA.txt");
PrintWriter pw=new PrintWriter(ficheroSal);
String linea="";
String linea2="";


while ((linea=bfrA.readLine())!=null){

while ((linea2=bfrT.readLine())!=null){

if (linea.equals(linea2)){
System.out.println("iguales : " +linea );
pw.println("iguales :" +linea);

}else{
System.out.println("diferentes : " +linea );
pw.println("diferentes :" +linea);

}
pw.close();
}
}
}


catch(IOException e){
System.out.println(e);
}finally{
try{
if (frA!=null){
frA.close();
}
}catch (IOException e){
System.out.println(e);
}
}
}
}

Este codigo solo te comprara la primera linea del archivo A con el del B :-)
Es mejor que leas el contenido de cada uno de los archivos a una lista de String o un arreglo de String y hagas la comparacion dentro de esas estructuras. Eso si si los archivos no son muy grandes...

Gracias por tu comentario. Si son algo grandes los ficheros, fichero A, seria de unos 100 mil registros y fichero B, 3 veces mas.
Estoy algo atascado la verdad, pero gracias.

tambien puede reiniciar esta parte BufferedReader bfrT=new BufferedReader (frT); (y lo que sea necesario) por cada vez que vaya al primer cilco y ya. asi el "cursor" que recorre el archivo B se reiniciaria cada vez que se inicie el ciclo principal