Hola Ana,
Supongo que ya tendras el JBuilder y si no es asi te puedes descargar de su página (www.borland.com) una versión capada gratuita con solo registrarte y ellos te enviaran la clave de activacion a tu correo. Una vez que ya dispongas de la herramienta le das a Crear Proyecto bien pulsando el icono correspondiente, bien eligiendolo en el menu de arriba. A partir de aqui te saldrá un asistente para la creación de un nuevo proyecto donde lo más relevante serán las rutas que le des tanto para guardar el proyecto en sí como los fuentes (ficheros .java) así como las clases compiladas (.class). A partir de aquí y una vez creado consistirá en añadir nueva clase (icono o en menú) y compilar. Prueba con un proyecto sencillo que contenga una unica clase sencilla(La puedes copiar de cualquier manual) y prueba a compilarla para hacerte con el entorno. DE cualquier forma si te van surgiendo problemas haznoslo saber.
Un saludo.