Java - Como puedo Modificar el Default path del Tomcat ?

Tengo un problema con un Bean que ejecuto, ya que estoy creando un archivo de
texto, y lo coloca por defecto en el directorio c:\jakarta-tomcat-3.2.1\bin por
defecto. Luego intento ejecutar un archivo.bat y tengo que colocarlo igualmente en
el directorio c:\jakarta-tomcat-3.2.1\bin para que pueda correr. Como puedo hacer
para manejar los path, a mi conveniencia???? Gracias por su ayuda