Java - Ayuda con ejercicio codificar texto

Tengo dos conjuntos de caracteres.
Tengo que convertir cada letra del conjunto1, en su correspondiente del conjunto2.
El resto de las letras no hay que modificarlas. Tengo que hacer el programa "codificador" y luego el descodificador.
Los conjuntos son arrays de 11 caracteres. El primer array tiene las primeras 11 letras del abecedario y el segundo array, las 11 siguientes.
Una vez hecho el programa, hay que meter una palabra y que el programa busque entre las letras del conjunto1 y si hay alguna, que las cambie por las del conjunto 2.
Lo primero que he hecho ha sido introducir los arrays de las letras y definir la variable de la palabra que voy a meter.
Luego he pasado esa palabra a una tabla de caracteres para luego poder ir comparando usando:
char[] tabla = palabra.toCharArray();

Ahí me he quedado y no tengo idea de cómo seguir y comparar. Si alguien me puede ayudar por favor :)

tienes que meter la info en un arreglo, luego recorres los arreglos con un for y comparando lo que tienes almacenado contra lo que introduce el cliente, esta es una algo de codigo que hice para un gestor de base de datos hace algunos anos, compara el arreglo tipo stream CorrectCad con el arreglo resultado del esplit para ver si son iguales.

//creamos un arreglo con la Forma Correcta de la sentencia y compararla con la del usuario
String CorrectCad[] = {"Create", "Table", "Nombre", "(", ",", "Numeric(18,2)", "Varchar(120)", "Int", "Date", "Not", "Null", "Primary", "Key",")","Numeric(18,2),", "Varchar(120),", "Int,", "Date,","null,","key,","Numeric(18,2))", "Varchar(120))", "Int)", "Date)","null)","key)","null)"};

boolean respuesta;

public boolean ConfirmaCadena(String Cad) {
boolean RespuestaFinal = false;
//convierte la cadena en un arreglo palabra por palabra
String Palabra[] = Cad.split("\\ ");

int j = 0;
while (j <= Palabra.length - 1) {
System.out.println("Sentencia inicial Palabra " + j + " = " + Palabra[ j]);
j++;
}
//fin de convertir la cadena en arreglo
//validamos si el comando principal es el correcto
RespuestaFinal = CrearTable(Palabra);
//valida toda la sentensia que contenga todas las partes
//esto es solo para desarrollo y ver que las varibles llegaron a destino
if (RespuestaFinal == true) {

System.out.println("En hora Buena la Sentencia fue validada exitosamente :)");

} else {
System.out.println("La Sentencia fue escrita de forma incorrecta ;(");
}

//si cumplio todas las condiciones anteriore retorna true indicando que la estructura es correcta
// }
//si la cadena no reunio las condiciones anteriores retorna falso indicando que no esta bien
return RespuestaFinal;
}

public boolean ValidacionAbrirParentesis(String Cad) {

if (CorrectCad[3].equalsIgnoreCase(Cad)) {
System.out.println("comparacion correcta Parentesis" + Cad);
return true;
}
//System.out.println("comparacion Incorrecta "+ Cad);
//else
// {
return false;
//}

}

public boolean ValidacionCerrarParentesis(String Cad) {

if (CorrectCad[13].equalsIgnoreCase(Cad)) {
System.out.println("comparacion correcta Parentecis " + Cad);

return true;
}
else
//{
//System.out.println("comparacion no es parentesis "+ Cad);

return false;
//}
}