Java - Jaspereport y las rutas

Buenas. Estoy usando jasperreport en java y quisiera decirle una ruta absoluta tanto para la base de datos como para el reporte, ya que yo programo en windows y el programa correra tanto en windows como en linux, pero no veo la forma. Alguna sugerencia?

Usa los paths al estilo Unix, seguramente funcionará también en Win.
(O usa java.nio.Path disponible desde java 7)