Java - ¿Incompatibilidad ente JOptionPane y la consola?

Hola a todos:

¿Alguién sabe por qué cuando escribo en Java algo por consola (de tipo System.out.println("Lo que sea")) si a continuación intento abrir un cuadro de diálogo con JOptionPane dicho cuadro no llega a visualizarse?

Muchísimas gracias de antemano.

Un cordial saludo.

Buenas Miguel Ángel

Sería más fácil si nos muestras el código.

Un saludo