Java - Consulta warnings jsp

Hola a todos,
Soy nuevo en esto de la programación y no entiendo mucho aun ....... En mi trabajo hay un aplicativo en java el cual lo trabajan con Jboss, mi tarea es tratar de mejorarlo. La cosa es que aparecían varios warnings en los jsp, leyendo por ahí decía que era por que estaban en html4 y no html5, así que cambie en todos el inicio a html5 desapareciendo todos estos warnings.
Bueno hasta ahí todo bien, pero tenia que crear el Ear y lo que hacen es importar las fuentes a Eclipse y luego exportar el ear desde ahi, para evitar los archivos svn. Y ahora mi consulta , el tema que al importar a Eclipse volvieron a aparecer todos los warnings que ya no están en el Jboss.
Por que sucede esto??
Ojala y se allá entendido mi consulta.
Saludos,

Hola que tal.. tal vez lo que debes relizar es haccer un update a eclipse.