Java - Ayuda con programa, java netbeans

Hola buenas tardes querida comunidad me preguntaba si me podrian dar dar sdu conocimiento acerca de un problema que tengo para crear un programa para java netbeans.
Basicamete trata de un programa para registrarse en la escuela, este debe tener lo siguiente:
-Introducir la carrera que se va cursar (Si no existe preguntar al Usuario si se desea crear y agregarla)
-Introducir la materia a la que quiere incribirse (Si no existe preguntar al Usuario si se desea crear y agregarla)
-Introducir si es HOMBRE O MUJER.

Como pueden observar no tiene restricciones de tamaño, y esto me causa un conflicto pues al final todo debe estar dentro de una matriz para mostrarse, ademas de que el usuario debe decirdir cuando termina el programa, asi como el mismo decide que tantas materia quiere inscribirse... tenia la idea de poner un menu y por medio de metodos hacer todo esto, pero me quede bloqueado, serian tan amables de ayudarme, llevo esto de codigo.

import java.util.*;
public class Arremangado {
public static void main(String[] args) {
int opcion;
Scanner sc= new Scanner(System.in);
do{
System.out.println("MENU PRINCIPAL");
System.out.println("1.- Introduce carrera a cursar");
System.out.println("2.- Introduce materia a cursar");
System.out.println("3.- Introduce tu sexo(Hombre o Mujer)");
System.out.println("4.- TERMINAR EL PROGRAMA");
opcion= sc.nextInt();
if(opcion==1)
metodo1();
if(opcion==2)
metodo2();
if(opcion==3)
metodo3();
} while(opcion <4);
}
public static void metodo1(){

}
public static void metodo2(){

}
public static void metodo3(){

}
}