Macros en Image J
Publicado por Anna (2 intervenciones) el 23/02/2017 17:21:14
Hola, me gustaría plantearos un problema que me ha surgido intentando realizar un macro con imageJ por si alguien que conozca un poco más el programa y tenga más experiencia me puede ayudar/orientar.
Estoy trabajando con imágenes de microscopía fluorescente resultantes de un time-lapse. Lo que quiero es crear unas ROI según un threshold. Una vez creada la mascara de ROIs la superpongo en el stack de imágenes para que me mida la fluorescencia en esas regiones en concreto. Tengo que hacerlo para bastantes vídeos por lo que el macro me sería muy útil pero no me funciona bien.
LO QUE HAGO:
Plugins-->macros--> record. Se abre recorder y con los parámetros por defecto voy clicando todo lo que quiero que se haga en la imagen y se van guardando los comandos. Lo guardo: create-->File--> save as...
Posteriormente lo cargo como: Plugins-->macros--> run
LO QUE ME PASA:
Al ejecutar el macro no se me seleccionan las mismas ROI. En la prueba que he hecho se tienen que seleccionar 29 y solo se seleccionan 6 con el macro.
He revisado los comandos guardados en el macro y al parecer falla el último paso pero no sé por qué ya que parece que están todos los parámetros de analyze particles registrados en el macro.
He intentado revisar los pasos, guardarlo en distintos formatos (java, R, python...) pero no se me ocurre por qué no está funcionando bien. Quizá necesite un plugin complementario que no tengo.
Muchas gracias de antemano.
Estoy trabajando con imágenes de microscopía fluorescente resultantes de un time-lapse. Lo que quiero es crear unas ROI según un threshold. Una vez creada la mascara de ROIs la superpongo en el stack de imágenes para que me mida la fluorescencia en esas regiones en concreto. Tengo que hacerlo para bastantes vídeos por lo que el macro me sería muy útil pero no me funciona bien.
LO QUE HAGO:
Plugins-->macros--> record. Se abre recorder y con los parámetros por defecto voy clicando todo lo que quiero que se haga en la imagen y se van guardando los comandos. Lo guardo: create-->File--> save as...
Posteriormente lo cargo como: Plugins-->macros--> run
LO QUE ME PASA:
Al ejecutar el macro no se me seleccionan las mismas ROI. En la prueba que he hecho se tienen que seleccionar 29 y solo se seleccionan 6 con el macro.
He revisado los comandos guardados en el macro y al parecer falla el último paso pero no sé por qué ya que parece que están todos los parámetros de analyze particles registrados en el macro.
He intentado revisar los pasos, guardarlo en distintos formatos (java, R, python...) pero no se me ocurre por qué no está funcionando bien. Quizá necesite un plugin complementario que no tengo.
Muchas gracias de antemano.
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