RE:CREAR APLICACIONES .EXE
si no quieres que sean JAR (Java archive, que son ejecutables colocanto un manifiesto especifico dentro del jar). Existen distintas maneras de lograr un ejecutable una podria ser creando un archivo por lotes BAT que despues puedes convertir a exe con algunas herramientas como BAT to EXE (Buscalo asi en algun buscador) la otra es utilizar un metodo similar pero este es con la herramienta Jar to EXE (no recuerdo vien donde se descarga) la otra mas complicada pero que considero mas correcta seria escrivir alguna aplicacion en C o C++ que llame al sistema creando una JVM que ejecute tu aplicacion java.
Espero esto te sirva aunque sea para horientarte en el camino que podrias seguir.