Java - Como comparar árboles binarios en Java?

Estamos planteando una solución a un problema, en el cual necesitamos comparar árboles binarios de diferentes ramas para que retorne la cantidad de estructuras diferentes, se decidió hacer en lenguaje Java. Como no somos experimentados en estructura de datos y necesitamos ideas para comparar para armar el código, quisiera si me pudieran dar una noción de como hacerlo (matrices, arraylist, etc), Muchas gracias