Java - Formato entrada por consola

Tengo un programa que me descifra un texto previamente encriptado. El problema viene cuando copio el texto encriptado y lo pego en la consola para descifrarlo:

194233230219166154237233243154199219
236238227232154243154231223154223232
221219232238219154234236233225236219
231219236154221233232154196219240219
168154198198223240233154221233232154
223237238223154230223232225239219228
223154231219237154222223154173154231
223237223237168154207232154237219230
239222233154219154238233222233237

Al venir con saltos de linea me descifra solo la primera linea:
194233230219166154237233243154199219
y al ver que tiene un salto de linea el programa entiende que no hay mas texto a introducir. Como podría hacer para que al pegar el texto con ese formato consiga leerlo completamente ??. Podria evidentemente pegar el texto previamente en un bloc de notas y quitarle los saltos de linea pero lo que quiero es hacerlo desde Java. Probé con los métodos replace, replaceAll pero no me funciona.

Un saludo y gracias.

Pues lo más normal es que no copies los saltos de línea. Hazlo con el bloc de notas o como quieras.
Si quieres persistir en "la ñapa" puedes, por ejemplo, leer hasta que te encuentres una línea vacía. Tras pegar tus líneas de texto, pulsa return en el teclado y debería valer.