debo comenzar el aprendizaje de este lenguaje desarrollando aplicaciones en J2SE o J2EE
Hola William, bueno para empezar a desarrollar en java necesitas aprender lo básico es decir, variables, bucles, oop, archivos, bd , manejo de excepciones etc, este conocimiento te lo puede otorgar JSE, o Java Standard Edition, así que te recomiendo que empieces por acá luego puedes migrar a lo que te guste más sí es en el apartado de las aplicaciones mobiles pues te recomiendo que tengas una pc que te brinde buenas prestaciones ya que android studio te exigirá tener un buen equipo, ya sí tu camino es el de aplicaciones web puedes empezar con jsp solo por aprender lo básico, despues puedes saltar a un framework como spring y a su vez un orm como hibernate, también puedes ver herramientas como maven y git para tener un control mayor de tu aplicacion con respecto a las librerías y control de versiones. En el apartado de los IDES he probado los 2 y bueno yo te recomiendo que pruebes IntelliJ le des el chance y la oportunidad de utilizarlo, Netbeans está bien pero a la hora de querer hacer GUIs o aplicaciones de escritorio te facilitará todo y no es la idea pues no sabras o no conoceras como se crea una ventana, te lo digo por experiencia propia, no te acostumbres a un IDE trabaja con todos, sí lo tuyo son proyectos básicos puedes empezar con el motor de MySQL, o puedes probar PostgreSQL que también ambos son free y bueno puedes utilizarlos, para el primero te recomiendo que te descargues xampp que te instala todo de una vez, para el segundo con pgadmin3 creo que te puedes defender y me parece mucho mejor que el 4 que solo quiere igualar a MySQL en su forma web y aveces es un fastidio trabajar con el, pero bueno es mi punto de vista. Ah bueno y para GUIs puedes usar JavaFX.
Como ves es una cantidad enorme de cosas pero eso es lo bonito de aprender, solo dedicale tiempo, después si te cansas de Java o quieres explorar otros lenguajes de programación ya tendrás una base solida de programacion orientada objetos que es un paradigma muy importante para un desarrollador.
Saludos espero haberte podido ofrecer una idea de más o menos que es lo que necesitas.