RE:ayuda con el api de windows
Para llamar funciones de C (de Windows u otras) desde Java, tienes JNI (Java Native Interface). Hay un tutorial en java.sun.com
Llamar desde java a funciones de la api de windows puede ser liado por la complejidad de los parámetros que llevan dichas funciones. Posiblemente sea más sencillo que te hagas unas pequeñas librerias en C que hagan las llamdas que tú quieres, pero con parámetros más sencillos y luego, desde java, llames a tus funciones de C.
Espero haberte servido de ayuda.
Se bueno.