Java - Problema Procedimiento Almacenado

Saludos.

Tengo un entorno en el que desde un programa java llamo a un SP que realiza unos calculos. En el programa java despues de llamar al procedimiento y ejecutarlo hago commit de la transaccion, tengo el autocommit del objeto connection a false .
Cuando hay pocos registros todo va bien, acaba y nada pero cuando crece (tarda unos 6sgs por el analizer) me casca el programa y se me sale por una NullPointerException.
Sin embargo si lo lanzo por el analizer del SqlServer hace todo bien.
El caso es que voy al manager y aparece dicho proceso como runnable y se queda ahi colgado. De hecho hasta que no lo "mato" no puedo volver a lanzarlo.
La excepcion se lanza cuando intento ,despues de haber echo el execute del SP, llamar al metodo commit del objeto conection. Sin embargo intento capturtar el mensaje de la excepcion y caske bueno.
Además dicho metodo solo genera SqlException. No se.

He comprobado que pasa cuando dentro del SP supero un numero de iteracciones en un cursor (bucle). Pero por la bd se lanza sin problemas.
Alguien me puede ayudar ?????

Gracias y un saludo.