Desde netbeans no puedes editar el codigo generado automaticamente por el editor de GUI (las lineas que salen de otro color). Entre esas lineas tienes huecos para poner tu propio codigo. Para modificar las lineas que salen de otro color, debes hacerlo desde el mismo editor de GUI, cambiando propiedades o lo que sea necesario. Otra posibilidad es cambiarlo desde un editor externo (notepad, vi, etc), pero entonces el editor del GUI no lo reconocerá como suyo y no podrás volver a editarlo con el.
En cuanto a organizar el proyecto, puedes crear paquetes (menú con el botón derecho sobre cualquier paquete o directorio existente en el arbol de clases). Esto además del paquete, creará un subdirectorio en el disco. Los directorios iniciales estilo src, class, etc, deberás crearlos previamente desde fuera del IDE.
Se bueno.
