En www.java.sun.com
J2SE es la versión estandard de java, la normal para los programadores que no van a hacer programas en móviles (J2ME) o a hacer aplicaciones web (J2EE)
Dentro del J2SE debes bajarte el SDK (o JDK), que es el compilador y librerias necesarias para desarrolladores. El JRE es lo necesario para ejecutar programas java ya compilados, pero no permite desarrollarlos. El JRE es buena opción para los que quieren navegar por internet, entrar en chats o utilizar programas ya hechos en java.
Con el SDK programas con el notepad (o el vi si estas en linux) y compilas con un comando (javac) desde una ventana de ms-dos. Si quieres un entorno visual más cómodo (estilo visual c++ o visual basic), puedes bajarte el SDK con netbeans. El netbeans es el entorno visual de desarrollo, con compilador, debugger, ayuda, etc y demás todo junto.
Se bueno.