Hola:
Una vez compilado tu programa, tendrás uno o más ficheros .class
Alguno de ellos corresponderá con la clase que tiene el método main (supongamos que la clase principal es ClasePrincipal y está en el fichero ClasePrincipal.class). Para ejecutar eso, desde una ventana de ms-dos (o shell/bash de linux) te situas en el directorio donde esté el fichero .class (suponiendo que no hayas metido la clase en ningún package) y escribes
$ java ClasePrincipal
Para evitar tener que ir a una ventana de ms-dos para ejecutar el programa, puedes hacer un fichero .bat con esa linea de comandos. De esta forma podrás ejecutarlo desde un doble click.
Para generar un jar, también desde una ventana de ms-dos, escribes esto
$ jar cvf fichero.jar ClasePrincipal.class OtraClase.class ...
Para poder ejecutar eso con un doble click, debes decirle a windows que los .jar se abren con java -jar fichero.jar o con javaw -jar fichero.jar
En http://www.geocities.com/chuidiang/java/classpath/classpath.html tienes un pequeño tutorial que aunque no contesta exactamente a lo que quieres, quizás te aclare algunas dudas.
Se bueno.