Java - Buffer teclado

Hola que tal estoy haciendo una aplicacion en java que recoja caracteres desde teclado usando System.in.read(). Esta opcion la tengo metida dentro de un bucle para que se repita y segun el caracter insertado el bucle continuo o se acaba. El problema que tengo es que el buffer del teclado esta lleno y mete de vez en cuando un el dato que le da la gana a la variable. En lenguaje C, yo usaba el fflush(stdin) para limpiar el buffer del teclado, en java como se hace.
Otra preguntita que funcion es la encargada de limpiar los datos que se muestran en el terminal.
Gracias