Con System.getProperty ("nombre variable") puedes obtener algunas variables que define la máquina virtual de java, como
"java.io.tmpdir" para un directorio tmp por defecto
"java.library.path" para path
"java.class.path" para classpath
Tienes mas si miras en la api de java (www.java.sun.com), en System.getProperties().
Además de estas que están por defecto, puedes poner más llamando a java con la opcion -D
java -Dvariable=valor -Dvariable2=valor ClaseMain
En ningún caso java coge las variables de entorno que tengas definidas en windows (salvo lo mencionado anteriormente).
Se bueno.