Java - Por favor que alguien me oriente

Hola amigos,

estoy ayudando a un amigo a que haga unas practicas con el Tomcat y resulta que tiene un monton de ejemplos (creo que le venian con el Catalina) pero tienen extension .jsp mientras que tambien tiene otro monton de ejemplos de practicas pasadas que se supone que le deberian de funcionar perfectamente pero llevan extension .java y otros ficheros con el mismo nombre que los .java pero con extension .class y otras con extension .ser (que estan en un directorio un nivel superior) y no sabemos si es que tiene que compilarlos de alguna manera para que se conviertan en .jsp y poder ejecutarlos.

A ver si alguien nos echa una mano...

Gracias Saludos