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Hay muchas razones: Por cuestiones de seguridad, Java no se ejecuta en memoria directamente, se hace mas dificil que pueda ser hackeado o que algun virus o programa malicioso pueda modificar alguna aplicacion existente debido a las capas de seguridad de la mvj.
Estoy de acuerdo con la respuesta anterior, pero en realidad Java maneja punteros, solo que lo hace de forma transparente al usuario. Por ejemplo: los objetos son como punteros, lo que conocemos como referencia a memoria, pero el concepto de puntero esta oculto para los programadores, de todas formas la respuesta anterior es muy acertada... SALUDOS
