Java - Problemas con jsp

Hicimos un sistema en jsp cuando contratamos el servidor nos encontramos con que el servidor no soportaba conexiones persistentes, entonces se nos ocurrio la idea de generar unas librerias para manejar archivos con los datos que necesitamos y andaba barbaro pero cuando lo subimos al servidor os dimos cuenta de que no tenemos acceso de escritura y la gente que me brinda el servicio nos dijo que desde nuestros archivos tenemos que darle este acceso de escritura.Como puedo hacer esto?

EL SERVIDOR WED CORRE EN LINUX?