Hola:
Dependiendo de lo que quieras hay muchas posibilidades.
Si solo quieres arrancar otros programas .exe, puedes usar Runtime.exec("ejecutable.exe");
Si son dos programas independientes que deben cambiar información y que tú puedes programar/modificar, puedes conectarlos por sockets, de forma que uno puede enviarle datos al otro y viceversa.
Si tienes librerias ya hechas en C y lo que quieres es usarlas desde java, tienen JNI. Deberás buscar algún tutorial sobre el tema. Aqui entra un poco lo que te comenta LST. Para usar JNI debes hacer una clase java especial a la que luego pasa ese programa (creo que se llama javah) y te genera un .h Luego te toca hacer algo de código en C
Se bueno.
