Java - archivos en java

Alguno me podria ayudar con un metodo de ejemplo , acerca de como buscar un registro especifico en un archivo secuencial de java, tengo problemas , ya que para conocer cuando es el fin del archivo, solo utilizo la excepcion EOFException, y no me funciona.

Gracias

File archivo=new File("archivo.txt");
String linea;
try
{
BufferedReader buf=new BufferedReader(new FileReader(archivo));
while((linea=buf.readLine())!=null)
{
secuencia de busqueda;
}
}
catch(IOException e){haz algo;}

Los archivos son .dat, te adjunto el codigo:

//y el metodo de insercion, por aquello q determinen un error...
public void insertarRegistro(Paciente paciente){
try {
salida=new ObjectOutputStream(new FileOutputStream(ruta,true));
salida.writeObject(paciente);
salida.flush();
this.cerrarArchivo();
}
catch ( IOException excepcionES ) {
JOptionPane.showMessageDialog( null, "Error al abrir el archivo",
"Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
}
}

//solo puedo leer el primer registro, y esto cuando es el unico en el archivo, de otra manera, no puedo leer nada--->???

public Paciente leer(String nombre){
Paciente registro=null;
try{

while(true){
entrada = new ObjectInputStream(new FileInputStream(ruta));
registro=(Paciente)entrada.readObject();
if (registro.getNom().equals(nombreque estoybuscando))
System.out.println("\n\n\ndatos recuperados del archivo: "+registro.toString
else
leer(nombre);
}
}catch(EOFException e){entrada.close();}
}catch(FileNotFoundException e){System.out.println("archivo no encontrado");}
}catch(IOException e){System.out.println("error de lectura");}

DISCULPE, QUIERO SABER SI ME PODRIA DAR UN ASESORAMIENTO PARA HACER UN PROGRAMA EN JAVA SOBRE UN ACUADRO MAGICO, MIRE, NECESITAMSO QUE NOS DE EL CODIGO FUENTE MAS O MENOs COMO ESTE. public class Cuadro magico
//Atributos
float lado1,lado2,lado3
asi mas o menos. PODRIA RESPONDERME A ÑLA BREVEDAD.