Java - Actualizar JTextArea

Hola

Tengo un programa con interfaz gráfica en el que una de las opciones del menú hace una operación de entrada/salida (concretamente el cifrado de un fichero).
Mi pregunta es por qué si intento mostrar algo durante el bucle de entrada/salida en el JTextPane que tiene el programa no sale hasta que termina la operación de entrada/salida. Vamos, que no actualiza hasta el final, muestre lo que muestre.
He probado creando un hilo que lo actualice, pero tampoco...

Alguien me puede ayudar?
Muchas gracias.
PD: Perdón, antes olvidé poner el título.

El problema es que en Swing solo puedes actualizar los componentes desde la tarea despachadora de eventos. Esto quiere decir que si estas haciendo un proceso que toma algun tiempo tu GUI esta "paralizada". La solucion es usar hilos y ejecutar la operacion de entrada y salida desde este hilo y alli puedes actualizar la GUI usando SwingWorker