Java - ¿Salida de la aplicación controlada?

hola,
tengo una aplicación con varios hilos de ejecución, en uno de ellos se realiza la salida la aplicación y quisiera saber como puedo garantizar que al hacer el exit otro hilo no está realizando un proceso de escritura en un fichero.
He probado haciendo synchronized(Var_Object) en todas las llamadas al metodo que escribe en el fichero y en la llamada al metodo que hace el exit, pero sigo sin tener una salida controla (el fichero puede quedar vacio, porque la salida se produce durante la escritura).
Gracias.