Java - ERROR EN ARCHIVOS

HOLA, TENGO UN GRAN PROBLEMA, DEBO ENTREGAR UN PROGRAMA EN EL CUAL YO DE ALTAS, BAJAS, BUSQUEDA Y MODIFICACIONES DE ARCHIVOS, EL PROBLEMA ES EL SIGUIENTE:
TODO FUNCIONA PERFECTAMENTE, EXCEPTO LAS BAJAS NI LAS MODIFICACIONES, NO PUEDO HACER ESO, LA FORMA EN LA CUAL LA ESTOY HACIENDO ES LA SIGUIENTE:
CREO UNA CLASE PRINCIPAL, EN LA CUAL TENGO UN MENU, DESDE ESTE INVOCO A DIFERENTES PROGRAMAS QUE CONTIENEN CADA ACCION A REALIZAR! PERO NO C QUE PROBLEMA TENGA, SEGUN YO, TODO ESTA BIEN, PERO DEBE HABER ALGUN ERROR, ALGUIEN K M PUEDA AYUDAR! GRACIAS

El compilador te lanza alguna excepcion? cual? donde deja de funcionar? Se necesita mas informacion para poder orientarte

mira, no m lanza ninguna excepcion, el problema es cuando cuando segun yo modifico los archivos, y despues que quiero consultar los registros que yo modifique, no se actualizan, siguen estando los registros anteriores, y al igual, cuando supuestamente yo elimino los registros, pues nada, cuando consulto para verificar que realmente se hayan eliminado, siguen apareciendo ahi!
el problema es que cuando los hago separado, si funcionan, corro cada programa individual y si funciona todo a la perfeccion, pero cuando los junto en un menu, me surgen esos problemas.