Hola:
Efectivamente, no la tiene en cuenta. Al ejecutarlo asi busca el classpath en el fichero de manifiesto. Al igual que pones en el fichero de manifiesto
Main-Class: ClasePrincipal
puedes poner otra linea que diga
Class-Path: fichero1.jar fichero2.jar fichero3.jar
La situación de estos jar debe ser relativa al jar principal que estas ejecutando. Tal cual te he puesto en el ejemplo, todos los jar deberían estar en el mismo directorio.
Puedes ver esto con un poco más de detalle en http://www.chuidiang.com/chuwiki/index.php?title=Ficheros_jar
Se bueno.