Java - Certificado de seguridad

He empleado un certificado de seguridad
con los comandos KEYTOOL y JARSIGNER, ya que por lo que se ve se tienen que establecer medidas de seguridad con el tema
de applets (como veis soy nuevo en esto).
Consigo entrar en el applet y ejecutarlo,
pero cuando llamo un programa externo que es invocado por el propio applet (concretamente es un programa freeware para visualizar PDFs)
aparece un mensaje de error el cual controlo a traves de excepciones en el que me indica que no puede crear un archivo temporal
en una carpeta que se halla en el propio servidor(a la cual le he concedido ya todos los permisos de escritura,lectura, ...), de hecho es a la hora de ejecutar
una clase y crear un objeto de esta (segun el mensaje de la excepcion).

¿Puede ser que sea problema del certificado o a la hora de crearlo?. Este tipo de certificados se emplean para autorizar
desde tu maquina que el applet se ejecute en ésta (ya que hay applets que te pueden fastidiar el ordenador, actuando como virus)
Si no es asi, ¿a que puede ser debido?

Muchas gracias por su atencion, de verdad.

Un saludo.