RE:sobreescribir un archivo
Si tienes el codigo fuente podrias agregarle o modificarle codigo, pero si solo tienes el archivo.class creo que la forma mas practica de poder reutilizar ese codigo y cambiarle algo es crear una subclase de esa clase y a la subclase le agregarias todo lo que quisieras por ejemplo voy a suponer que la clase se llama MyClass.class entonces el codigo seria mas o menos asi
public class Miclase extends MyClass
pero tienes que tomar en cuenta algunas otras cosas, puedes bajar un manual de java de este mismo sitio y leer alli como hacer subclases, cualquier duda me preguntas