Java - problema con BufferedReader

hola:

Tengo un ciclo para leer de buffer y luego imprimir lo que leyo en un TextArea y la manera de detener el ciclo es cuando el buffer sea Null.

en el Text Area deberia aparece escrito la salida de un Script que ejecuto en UNIX como se ve en color rojo.

Ingrese una opcion [1]Prueba [2]Salir

una vez que aparece esto se debe ingresar la opcion y sigue la ejecucion del script.

pero aparentemente el buffer nunca se hace null y se queda imprimiendo siempre lo mismo en un ciclo infinito y no se le pueden enviar los datos para la seleccion de la opcion [1] o [2]...

alguien tendra alguna sugerencia para que esto no suceda??

este es el codigo del hilo que lee el buffer de entrada.

muchas gracias

prestar atencion en esta parte del codigo

Código:
while ((line = in.readLine()) != null)
{
t.printOut(line);
}


Código:
class InputThread implements Runnable
{
BufferedReader in;
Main t;
public boolean keepGoing;

public InputThread(BufferedReader in, Main t)
{
this.in = in;
this.t = t;
this.keepGoing = true;
}

public void quitIt()
{
keepGoing = false;
}

public void run()
{
while (keepGoing)
{
String line;
try
{
while ((line = in.readLine()) != null)
{
t.printOut(line);
}
}
catch (IOException e)
{
t.printOut(e.getMessage());
}
}
}
}